博士から、ポケモン図鑑の完成を託されたレッドは、パートナーのヒトカゲとともに、さまざまな出会いと戦いを繰り広げることになります。
ライバルとなるグリーンとのバトルや、ジムリーダー・タケシへの挑戦。ポケモンタワーを占拠しようとする悪の組織、ロケット団との対決。そして、ロケット団のボス・サカキとの壮絶な戦いと、その先に待っている未知のポケモンとの遭遇。懐かしい『ポケットモンスター赤・緑』の冒険が、今、鮮やかなアニメーションでよみがえります。