なお『エンドレスラグナロク』のストーリーは、前作後半のプロトバハムート戦クエストをクリアすると幕を開ける。

物語は、星の民リリスの謀略が挫かれて安寧を取り戻した「ゼーガ・グランデ空域」の、季節が移ろった頃から再び動き出す。各地に現れた終末の獣「ラグナリオン」、混沌へ誘う異界の扉「極沌空所」、そして忘れられた空に舞い降りた“鋼鉄の翼”ベルゼバブ──空の旅は文字どおり「終わりなき戦い」へと突入する。前作のセーブデータを引き継げる有償「アップグレードキット」が用意されているのもうれしい。