「指令センター、応答願います！　車内には……時限爆弾が仕掛けられている模様です！」
しかし、指令センターにいるあなたもまた、未曾有の危機に直面していた。
ウイルスによってシステムが乗っ取られ、バスをコントロールできなくなっていたのだ……！
現場を奔走するコナン、世良、千速。犯人を捜査する横溝重悟。
そして、指令センターに残された最新鋭のシステムを駆使するあなた。
バスの行方は？　システムを乗っ取った犯人の目的とは？
指令センターから横浜の街にいるコナン達と協力し、絶体絶命の危機から蘭を救い出せ！